Desde 1995 é conduzido o Projeto Atlantis do litoral sul do Estado de São Paulo ao litoral norte do Estado do Paraná. Naquele ano, a equipe de pesquisadores detectou que havia uma grande aversão dos moradores locais no que se refere à presença de órgãos governamentais na região. Era costume até o século XXI se criar áreas de conservação sem consultar habitantes locais, muitas vezes expulsando-os de seus lares. Vinculados à Universidade de São Paulo, estudantes de pós-graduação e de graduação tiveram a ideia de criar um veículo que desviasse a atenção dos locais dos órgãos públicos. Estava assim criado o Projeto Atlantis.
O objetivo do Projeto Atlantis é realizar estudos de história de vida e ecologia de cetáceos (popularmente conhecidos como baleias, golfinhos, botos e toninhas) nas águas estuarinas do Lagamar (entre Iguape e Paranaguá), bem como nas águas costeiras locais no sul de São Paulo e no norte do Paraná. Para alcançar os objetivos propostos, diferentes linhas de ação foram e continuam sendo desenvolvidas e aprimoradas:
Eventos de Encalhes
Encalhes de cetáceos são eventos que culminam na presença de baleias e golfinhos à costa, cujas causas podem ter sido de origem natural ou antropogênica, sendo que estes mamíferos podem surgir mortos, morrerem em decorrência do encalhe, ou podem ser encontrados vivos e assim liberados com ou sem a ajuda de humanos.
A Ilha Comprida, município do sul do Estado de São Paulo, apresenta 74km de extensão voltados ao Oceano Atlântico. A praia do Marujá, situada no Parque Estadual da Ilha do Cardoso, antes da erosão costeira e subdivisão na Enseada da Baleia apresentava 17 km de extensão. A praia Deserta na ilha do Superagui no norte do Estado do Paraná apresenta cerca de 22 km de extensão. Animais mortos como quelônios, aves e mamíferos geralmente são carregados pelas correntes para essas praias, e podem servir de base para a condução de estudos sobre história natural. Entre 1996 e 2018 a equipe de pesquisadores do Projeto Atlantis realizou monitoramentos sistematizados nessas praias, colhendo material biológico de grande valia para muitos estudos que foram reaizados e cientificamente publicados (ver a sub-aba de "Publicações Científicas" nesta mesma aba de "Pesquisa"). Entre 2011 e 2015 essa frente de pesquisa foi apoiada pela FAPESP (processo 10/51323-6). Desde 2018 essa frente de investigação não tem sido mais desenvolvida pela equipe de pesquisadores do Projeto Atlantis, que tem optado por dsesenvolver ciência aplicada aos cetáceos vivos. Em 2021 alguns resultados pertinentes a esses esforços de pesquisas passaram a figurar alguns capítulos do ebook "Baleias e Golfinhos do Litoral Paulista: Estórias que Contam uma Bela História" (ver a sub-aba de "Livros Gratuitos" na aba de "Extensão Cultural").
Capturas Acidentais em Operações de Pesca
Por motivos ainda pouco conhecidos, cetáceos não detectam redes de pesca armadas no ambiente aquático com o único intuito de capturar pescado para servir de alimento aos humanos. Emaranhados nas redes, os cetáceos não conseguem respirar com uso de seus pulmões por serem mamíferos ao não alcançar a superfície da água, e consequentemente podem morrer afogados. É necessário mapear a quantificar estes eventos, e esse estudo somente pode ser conduzido com a cooperação dos armadores de pesca. Entre os anos de 2004 e 2007, uma primeira investigação foi realizada com apoio dos armadores de pesca de Cananéia no intuito de mapear e quantificar as capturas acidentais de pequenos cetáceos no litoral sul de São Paulo e norte do Paraná. Houve apoio do PROBIO, FNMA e CNPq para o desenvolvimento daquele projeto coordenado pela FIOTEC da Fundação Oswaldo Cruz do Rio de Janeiro. Aquele esforço de observação foi pioneiro na região, e gerou informações que serviram de base para uma ação de manejo em conjunto com os armadores de pesca. A frota pesqueira voltou a ser monitorada entre 2011 e 2018, em parte por meio de apoio financeiro da FAPESP (processo 10/51323-6). Os esforços coletivos geraram informações inéditas sobre a biologia de boto-cinza, toninhas e golfinhos-pintado-do-Atlântico (ver a sub-aba de "Publicações Científicas" nesta mesma aba de "Pesquisa"). Em virtude de ruídos derivados de uma má gestão federal do acompanhamento nacional da pesca costeira, as investigações sobre as capturas acidentais de pequenos cetáceos em operações de pesca foram suspensas em 2018 por tempo indeterminado. Esta foi uma ação de pesquisa pioneira no setor sul do Estado de São Paulo. Em 2021 alguns resultados pertinentes a esses esforços de pesquisas passaram a figurar alguns capítulos do ebook "Baleias e Golfinhos do Litoral Paulista: Estórias que Contam uma Bela História" (ver a sub-aba de "Livros Gratuitos" na aba de "Extensão Cultural").
Fotoidentificação
Em 1996 foi dado início de forma pioneira à aplicação da técnica de foto-identificação para levantar parâmetros ecológicos do boto-cinza no estuário de Cananéia. A foto-identificação visa identificar indivíduos da população no espaço e no tempo. Com a utilização da referida técnica é possível investir em estudos envolvendo uso de área, abundância, organização social, dentre outros. A área de estudo se expandiu para o Complexo Estuarino de Paranaguá (CEP) em 2006, englobando assim uma extensão de 160 km de linha estuarina costeira de investigação. Com a expansão do estudo para o CEP, a equipe do LABCMA descreveu a existência de mais uma população de toninhas encontrada em estuário. A toninha é uma espécie de cetáceo que atualmente se encontra inserida na categoria de "vulnerável à extinção" nas listas da IUCN e nacional. Os estudos de foto-identificação do boto-cinza foram financiados pela Cetacean Society International, Whale and Dolphin Conservation Society, Earthwatch Institute e FAPESP entre os anos de 1996 e 2019. Esse esforço de longo prazo é fundamental para conhecer e conservar o estoque populacional de uma espécie de longevidade relativamente alta (cerca de 35 a 40 anos) encontrado nas referidas águas estuarinas. Parte considerável deste conhecimento foi compartilhado com a comunidade científica em artigos específicos voltados a esse público (ver a sub-aba de "Publicações Científicas" nesta mesma aba de "Pesquisa"), e em 2021 passou a figurar em capítulos do ebook "Baleias e Golfinhos do Litoral Paulista: Estórias que Contam uma Bela História" (ver a sub-aba de "Livros Gratuitos" na aba de "Extensão Cultural").
As atividades de pesquisa conduzidas pela equipe de pesquisadores do Projeto Atlantis foram suspensas a partir de entre março de 2020 em função da falta de segurança sanitária provocada pela pandemia de Sars-Cov-2. Espera-se retomar em 2022 quando houver segurança sanitária aos pesquisadores e pesquisadoras do Projeto Atlantis.